Justo después de instalar una compilación de Windows (.exe) de tu proyecto de Desktop, ver una advertencia de SmartScreen de "Windows protegió tu PC" es esperado, no una señal de que algo esté roto o sea inseguro sobre tu compilación específica.
Por qué pasa esto
Las compilaciones de Desktop actualmente están en Beta y no están firmadas con un certificado de código (se necesitaría un certificado de firma de código real y de pago), que es exactamente lo que SmartScreen comprueba antes de omitir esta advertencia. Hacer clic en "Más información" y luego "Ejecutar de todas formas" la instala normalmente, esto no es algo que tú o nosotros podamos desactivar actualmente desde el lado de CodeBlock Studio.
macOS
Las compilaciones de Desktop son para Windows y Linux (AppImage y .deb) por ahora, macOS no se ofrece. Se necesitaría un certificado de Desarrollador de Apple para eso, sin uno, la app se bloquearía al abrirse para la mayoría de los usuarios en lugar de solo mostrar una advertencia.